选择南京市高水平航道通航条件影响评价公司需要考虑以下几个方面：

1. 资质和经验：选择具有相关资质和丰富经验的评价公司，能够更好地保障评价结果的准确性和可靠性。

2. 技术实力：评价公司需要具备先进的技术实力和专业的技术团队，能够采用先进的评价方法和工具，对航道通航条件进行全面、客观、准确的评价。

3. 服务质量：评价公司需要提供优质的服务，包括及时响应、专业解答、细致入微的服务等，能够满足客户的各种需求。

4. 价格竞争力：在保证服务质量的前提下，选择价格合理的评价公司，能够降低项目成本，提高项目的经济效益。

综上所述，选择南京市高水平航道通航条件影响评价公司需要综合考虑公司的资质、经验、技术实力、服务质量以及价格等因素，并进行综合比较和评估。